科主任是行政稱呼，主任醫師是醫療技術職稱，各是各的。但是一般科主任都是具有高階職稱的，但是高階職稱不一定是科主任。（主任醫師是醫生的最高職稱了）

科主任是行政稱呼，主任醫師是技術業務水平標誌，二者不是一回事。大型三甲醫院科室主任基本都是主任醫師，醫術一定屬於這個醫院頂級水平。至於說科主任與主任醫師哪個醫術高？不能一概而論，人各有所長，總體說如果都是主任醫師的話，水平都可以，科主任在所在科室業務範圍內或許水平更高一些。

科主任是行政職務，主任醫師是技術職場。科主任大部分是主任醫師來擔任，主任醫師不一定會擔任科主任，就和大學的院長和教授的關係一樣，一個學院院長只有一個，教授可以有很多。要說二者水平怎麼樣，國內大三甲醫院科主任的水平在科裡大都是數一數二的，技術達不到難以服眾啊，不過也有例外，比如如果院長是相關科室的，院長的學術水平可能是最高的，主任醫師是參加工作達到一定年限，技術和經驗達到一定水平，經過相關機構考核透過，醫院聘用的技術職務，一般來說也是臨床科室裡技術屬於第一層次的醫師。