魚主要是用鰓呼吸，水流從口流入及有鰓孔流出，在不斷透過鰓的時候進行氣體交換。

因此魚鰓有著特殊結構。

魚一般有5對鰓弓，內緣是鰓耙、外側2個比列的鰓片，鰓片由無數的鰓絲排列構成，每條鰓絲又生出許多突起的鰓小片，鰓小片由2曾細胞組成，有著豐富的微血管，是氣體交換的場所。

相鄰的鰓小片交錯嵌合，水在其中對流，保證了血液與水之間的最大氣體交換量。當魚離開水後鰓絲和鰓小片就彼此粘連，呼吸面積大大減小，無法補充充足的氧氣，且鰓絲暴露在空氣中，因水分蒸發引起鰓絲乾燥，破壞了鰓的結構，使其失去呼吸功能而死亡。

科普一下，不是所有的魚離開了水就呼吸不了了。

魚在水裡面主要是透過鰓部過濾水中的氧進行呼吸，世界上也有幾種魚類脫離了水也能呼吸，非洲有4種，澳洲有1種和美洲有1種魚可以將鰾當成肺用。

當天旱水乾的時候，它們可以將身體埋在泥裡，潛伏起來，只留一個通氣孔，用鰾狀肺呼吸空氣裡的氧。它的鼻孔和一般魚不同，它有鼻孔可通到肺，還能用鰭在沼澤中行走。這幾種魚就叫“肺魚”。

此外還有的魚類可以透過其他器官呼吸，如：面板（彈塗魚），腸管（泥鰍）等。