說兩者的區別之前，先說說兩者的定義。

什麼是自貿區？自貿區通常是指兩個以上的國家或地區透過簽訂自由貿易協定，相互取消絕大部分貨物的關稅和關稅壁壘，取消絕大多數服務部門的市場準入限制，開放投資，從而促進商品，服務和資本、技術、人員等生產要素的自由流動，實現優勢互補，促進經濟發展的一個大區。

什麼是保稅區？保稅區也叫保稅倉庫區，這是一國海關設定的或經海關批准註冊、受海關監督和管理的可以較長時間儲存商品的區域。

簡單說兩者的區別：

自貿區屬於境內關外，海關對於進入自貿區的貨物一般不加干涉，貨物的買賣，儲存海關一概不管。保稅區屬於境內關內，也就是貨物一進保稅區就得海關監管，相當於國外貨物在國內的儲存倉庫。

自貿區與保稅區相比有更大的優惠政策和開放度。自貿區主要是為了國際貿易，而保稅區主要是物流倉儲和加工業。

在自貿區出現以前，保稅區就是境內最開放的地方，保稅區實行關稅減免和其它稅收優惠政策。

從政策上來講，自貿區可以說是保稅區的全面升級，從地理上講，自貿區可以說是保稅區的合併。自貿區的政策也比保稅區更開放。

下面這張圖可以看清它們兩者最大的區別。

保稅區和自貿區的區別

首先來區分保稅區和自貿區的含義：

保稅區：也稱保稅倉庫區，是由海關設定的或經海關批准註冊、受海關監督和管理的可以較長時間儲存商品的區域。

自貿區：是指在主權國家或地區的關境以外，劃出特定的區域，准許外國商品豁免關稅自由進出。通常由多個國家聯合劃定區域，互相簽署自貿協議，在自貿區中實行尚明零關稅貿易

由定義可以看出來，首先二者的設立者不同，保稅區僅僅是一個國家的海關設立，侷限在一國範圍內，而自貿區則通常是由多個國家達成協議建立的自由貿易零關稅的區域。

再從二者交易方式上來區分， 保稅區中的商品沒有關稅，通常針對的是加工貿易的產品，在保稅區進行加工之後再出口。而自由貿易區中的貨物貿易則是多種多樣的，而且貿易是多邊受益。

首先我們從兩者的定義看一下：

保稅區(Bonded Area ;the low-tax; tariff-free zone ;tax-protected zone)，也稱保稅倉庫區，級別低於綜合保稅區。這是一國海關設定的或經海關批准註冊、受海關監督和管理的可以較長時間儲存商品的區域。是經國務院批准設立的、海關實施特殊監管的經濟區域。

自由貿易區 (Free Trade Zone，簡稱FTZ)是指在貿易和投資等方面比世貿組織有關規定更加優惠的貿易安排;在主權國家或地區的關境以外，劃出特定的區域，准許外國商品豁免關稅自由進出。實質上是採取自由港政策的關稅隔離區。從定義上來看保稅區是自貿區的一種。

一、監管理念：從貨物管理轉變為企業管理;

二、貿易的開放度：實行與國際接軌的多元貿易模式;

三、政策的開放度：主要體現在投資管理和外匯政策。即“一線”放開，“二線”管住。一線是指境外和區內之間的關係，貨物在區內可自由出入境;二線指的是區內和境內之間的關係，貨物從自由貿易區出入境內非自由貿易區要徵收相應的稅收。　　

一：保稅區

保稅區分為：保稅區和綜合保稅區

保稅區是由一國海關設定的或經海關批准註冊，受海關監督和管理的可以較長時間儲存商品的區域。是經過國務院批准設立的，海關實行特殊監管的經濟區域。保稅區主要有：保稅加工，倉儲，轉口貿易，國際貿易，商品展示這五項基本功能。

根據現行有關政策，海關對保稅區實行封閉管理，境外貨物進入保稅區，實行保稅管理；境內其他地區貨物進入保稅區，視同出境；通俗一點理解就是，國外的商品進入保稅區內生產加工，完成之後再次運送到國外，這種情況是不用繳稅的。但是你要賣到國內，那就要繳稅了。如果是國內並且是這個保稅區以外的區域，進入到保稅區內，進行生產，加工，然後運到國外後，才能實行出口退稅，也就是說之前要交稅，貨物運到國外後，就可以退稅。

綜合保稅區：是設立在內陸地區具有保稅港區功能的海關特殊監管區域，實行封閉管理，是目前中國開放層次最高、政策最優惠、功能最齊全的海關特殊監管區域。國外貨物入區就進行保稅，出區賣到國內，需要繳稅。國內貨物入區就視同出口，實行退稅。這兩點和前面保稅區相同。但是在保稅區的基礎上加了一點，即：在綜合保稅區內，企業與企業之間的貨物交易不徵增值稅和消費稅。

二：自貿區

自由貿易區指的是簽訂自由貿易協定的成員國相互徹底取消商品貿易中的關稅和數量限制，使商品在各成員國之間可以自由流動。不過各個國家可能有所不一樣，有些國家只限定某種商品能自由貿易，其他的就不行，具體要看各個國家的規定。

在自由貿易區內，允許外國船舶自由進出，外國貨物免稅進入，並且取消對進口貨物的配額管制。簡單來講，從自貿區進入國內的貨物就算進口貨物，同理，如果是國內其他地區進入自貿區，就屬於出口貨物，兩者都是不用繳稅的。自貿區內的貨物是免稅的。

從上面可以看出，保稅區和自貿區最大的區別就是：在保稅區，進口貨物賣到國內要交稅，出口貨物只有在出境的情況下才能免稅。而自貿區不管進口還是出口，都是免稅的。

所以，對個人來說，如果你要辦企業，當然是選擇自貿區，可以享受免稅待遇。

以上回答只是個人觀點，如果不對的地方，還望指正。

一是監管理念，從貨物管理轉變為企業管理；二是貿易的開放度，實行與國際接軌的多元貿易模式；三是政策的開放度，主要體現在投資管理和外匯政策。

其中，中國（上海）自由貿易試驗區的最大特色是境內關外的特殊監管制度，即一線放開，二線管住。一線是指境外和區內之間的關係，貨物在區內可自由出入境；二線指的是區內和境內之間的關係，貨物從自由貿易區出入境內非自由貿易區要徵收相應的稅收。

其次，上海自貿區將突破現有的條框，更強調貿易和投資自由化。舉例而言，儘管此前的外高橋保稅區具備了國際上自由貿易園區的部分功能，但面對企業需求和經濟發展需求，還存在一定差距。

上海自貿區在相關制度方面的突破和創新，則有利於跨國公司內部的全球調撥，同時吸引更多金融機構在區內註冊開業。具體措施包括，允許符合條件的民營資本與外資金融機構共同設立中外合資銀行，允許融資租賃公司在區內設立單機單船子公司不設最低註冊資本限制，以及在風險可控的前提下，對人民幣資本專案可兌換進行先行先試等。