可以透過以下幾個方面來分辨石龜的公母。

1、首先尾巴粗細不一致，石龜公龜的尾巴比較細長，母龜的尾巴比較粗大。

2、洩殖腔的位置不同，公龜洩殖腔要在尾巴靠上的位置，母龜洩殖腔的位置要在尾巴靠下方的位置。

3、腹部不同，母龜的腹部比較平，便於趴在地上，公龜的腹部比較凹陷，方便趴在母龜身上。

4、交配體位不同，交配過程中公龜會在上面，母龜會在下方。

5、龜背不同，公龜的龜背比較凸出，母龜的龜背比較平坦。

一、雌性龜：背甲較短且寬，腹甲平坦中央無凹陷，尾細且短，尾基部細，洩殖孔距腹甲後緣較近，腹甲的2塊肛盾形成的缺刻較淺，缺刻角度較大。

二、雄性龜：背甲較長且窄，腹甲中央略微向內陷，尾粗且長，尾基部粗，洩殖孔距腹甲後緣較遠，腹甲的2塊肛盾形成的缺刻較深，缺刻角度較小。

三、此外對於成熟個體還可以透過下面的方法進行鑑別：

將龜的腹甲朝上，左手的大拇指、食指二中指分別將龜的前肢、頭壓迫縮入殼內，右手將龜的尾擺直，若龜的洩殖腔孔內有黑色的陰莖伸出，則為雄性；若龜的洩殖腔孔排出泡泡或稀粘液，則為雌性。