一、設軍事行政機構管轄
清朝對這些地方的統治、管理與一般行省不同，不設督撫，都實行軍府制，由將軍率八旗駐防。
東北是清朝龍興之地，而沙俄在順治、康熙朝就曾把侵賂的觸角伸到黑龍江流域，清朝統治者對這裡十分重視，在這裡實行軍府制，分設盛京將軍、吉林將軍和黑龍江將軍，兼軍政和民政兩個方面。多處築城，設立總管和副都統，駐有重兵4萬，而內地各省駐防僅16000人。
內外蒙古實行盟旗制度。這種制度首先在內蒙古實行，後來推行到外蒙古、新疆、青海等蒙古族居住地區。旗制有似八旗制度，是政權組織又是軍事組織和社會組織。盟由數旗組成。每旗由清廷從本旗王公、臺吉或塔布囊內任命旗長一人掌管旗務、再加上協理臺吉2—3人協辦旗務。此外還設管旗章京一人統管一旗之事，副章京一至二人分管一旗之事。內外蒙古同時也實行軍府制。內蒙古設察哈爾都統、熱河都統、綏遠城將軍，外蒙古設烏里雅蘇臺將軍和科布多參贊大臣。綏遠、張家口駐兵2萬多，幾輔、熱河及陵寢圍場駐兵1.7萬人。
西北地區的新疆行政因民族雜居，故行政制度不一，烏魯木齊、巴里衝等地實行郡縣制，蒙古族住的地方實行盟旗制，天山南路實行伯克制。整個西北地區也實行軍府制，設伊犁將軍，西北駐防八旗兵18000人。
清朝從皇太極時起就設有管理蒙古少數民族事務的機構蒙古衙門，崇德三年改名為理藩院。順治朝後此院仍然存在，職能擴大到回部和諸藩部。“制爵祿，定朝會，正刑罰，控馭撫綏，以固邦翰。”
二、利用宗教，實行政教合
蒙古盛行喇嘛教，統治者利用該教進行統治，實行政教合一。清朝政府本著“修其教不易其俗”的原則，順應他們的習俗，在蒙古地區大建寺廟，免除喇嘛的賦稅差役，給活佛和上層喇嘛封號、特權，封賜4大喇嘛教首領，分別主持衛藏、漠南和漠北的宗教事務。
三、設定軍事哨所
東北、蒙古、新疆沿國境線內設定卡倫哨所，派遣官兵瞭望、戍守。分三類：“常設卡倫”，士兵長駐，“移設卡倫”和“添設卡倫”則根據季節的冷暖移動，“添設卡倫”，暖則設，冷則撤。
四、設立驛站
清政府在東北、西北和西藏地區都建立了驛站，傳遞文書，為儘快瞭解邊疆情況，及時向這些地區傳達上諭提供了方便。此外釋站也可以供運輸軍餉、武器的人員、車馬休息、住宿，保證平叛的需要。
五、恩威並用
所謂恩威並用就是鎮壓少數目族的割據和反叛，而以恩德拉攏其上層。平定噶爾丹的叛亂，平定策妄阿拉布坦叛亂，平定西藏珠爾墨特叛亂等為施威；結少數民族上層人物封爵，給予豐厚俸祿，娶蒙古貴族女兒為妃子，讓他們到北京或避暑山莊覲見皇帝都是施恩籠絡。
一、設軍事行政機構管轄
清朝對這些地方的統治、管理與一般行省不同，不設督撫，都實行軍府制，由將軍率八旗駐防。
東北是清朝龍興之地，而沙俄在順治、康熙朝就曾把侵賂的觸角伸到黑龍江流域，清朝統治者對這裡十分重視，在這裡實行軍府制，分設盛京將軍、吉林將軍和黑龍江將軍，兼軍政和民政兩個方面。多處築城，設立總管和副都統，駐有重兵4萬，而內地各省駐防僅16000人。
內外蒙古實行盟旗制度。這種制度首先在內蒙古實行，後來推行到外蒙古、新疆、青海等蒙古族居住地區。旗制有似八旗制度，是政權組織又是軍事組織和社會組織。盟由數旗組成。每旗由清廷從本旗王公、臺吉或塔布囊內任命旗長一人掌管旗務、再加上協理臺吉2—3人協辦旗務。此外還設管旗章京一人統管一旗之事，副章京一至二人分管一旗之事。內外蒙古同時也實行軍府制。內蒙古設察哈爾都統、熱河都統、綏遠城將軍，外蒙古設烏里雅蘇臺將軍和科布多參贊大臣。綏遠、張家口駐兵2萬多，幾輔、熱河及陵寢圍場駐兵1.7萬人。
西北地區的新疆行政因民族雜居，故行政制度不一，烏魯木齊、巴里衝等地實行郡縣制，蒙古族住的地方實行盟旗制，天山南路實行伯克制。整個西北地區也實行軍府制，設伊犁將軍，西北駐防八旗兵18000人。
清朝從皇太極時起就設有管理蒙古少數民族事務的機構蒙古衙門，崇德三年改名為理藩院。順治朝後此院仍然存在，職能擴大到回部和諸藩部。“制爵祿，定朝會，正刑罰，控馭撫綏，以固邦翰。”
二、利用宗教，實行政教合
蒙古盛行喇嘛教，統治者利用該教進行統治，實行政教合一。清朝政府本著“修其教不易其俗”的原則，順應他們的習俗，在蒙古地區大建寺廟，免除喇嘛的賦稅差役，給活佛和上層喇嘛封號、特權，封賜4大喇嘛教首領，分別主持衛藏、漠南和漠北的宗教事務。
三、設定軍事哨所
東北、蒙古、新疆沿國境線內設定卡倫哨所，派遣官兵瞭望、戍守。分三類：“常設卡倫”，士兵長駐，“移設卡倫”和“添設卡倫”則根據季節的冷暖移動，“添設卡倫”，暖則設，冷則撤。
四、設立驛站
清政府在東北、西北和西藏地區都建立了驛站，傳遞文書，為儘快瞭解邊疆情況，及時向這些地區傳達上諭提供了方便。此外釋站也可以供運輸軍餉、武器的人員、車馬休息、住宿，保證平叛的需要。
五、恩威並用
所謂恩威並用就是鎮壓少數目族的割據和反叛，而以恩德拉攏其上層。平定噶爾丹的叛亂，平定策妄阿拉布坦叛亂，平定西藏珠爾墨特叛亂等為施威；結少數民族上層人物封爵，給予豐厚俸祿，娶蒙古貴族女兒為妃子，讓他們到北京或避暑山莊覲見皇帝都是施恩籠絡。