1、優點：底濾的優點：底濾為濾材提供的空間最大，所以處理能力是最強的(注意不是效率)！有利於硝化細菌的培養。一般來說底濾有3格或者4格，濾材的擺放順序為：第一格，白棉、藤棉，第二格；細菌屋、陶瓷環、玻璃環、濾球等（可以選一種，也可以搭配使用）；第三格，如果是最後一格，則可以放泵和加熱棒，如果不是，也可以放細菌屋等或是麥飯石；但是最後需要留一格放泵和加熱棒。2、缺點：底濾的缺點：體積巨大一般得佔用魚缸底櫃空間，並且對水泵要求比較高，功耗比較大，水泵必須和溢流配合妥當，否則有可能水漫金山或水泵乾燒！所以，對技術水平要求略高。

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下水進到的第一個格從上到下放濾棉、生化球、玻璃環；第二格放濾棉、細菌屋、陶瓷環。第三格自然是水泵，水泵這一格你也可以放置大一些的生化球。

假如是現在流行的乾溼分離底濾缸，同理，不過可以在濾材上下都放濾棉，質地不要太密就行

三格底濾缸濾材一般第一格是進水格，從上至下依次可放置：濾棉—生化棉—生化球（也可以放在溢流區）—菌屋—藤面。第二格則放置細菌屋等濾材，也可以上半珊瑚石下半細菌屋；第三格是抽水格，可以放置抽水泵，滅菌燈，溫度計，加熱棒，麥飯石，火山石，沉木等。值得注意的是，加熱棒最好放在底濾格之間的夾縫處。

過濾系統濾材的擺放順序還是有一定講究的，出水管口建議用絲襪封住做第一道過濾，之後按順序在第一格濾槽中放入白色過濾棉→黑色過濾棉→藤棉→陶瓷環等，白棉放前面是為了觀察過濾情況更直觀。這個濾格如果要求簡單，只放黑白濾棉也可以。第二格濾槽依次放藤棉→生化球→陶瓷環→細菌屋等，中間分別用白棉分開，這是為了便於掌握濾材的硝化細菌著床情況，有需清潔時僅沖洗白棉就可以了。