黴菌的高招是產生孢子。夏天醬油表面常常長出一層白毛，這是一種叫白地黴的黴菌，它的菌絲產生橫隔膜，並在橫隔膜處斷裂而形成一串像糖葫蘆一樣的孢子，叫節孢子；用來製作美味的豆豉和腐乳的毛黴，當發育到一定階段時，頂端的細胞膨大形成一個囊狀結構，叫孢囊，內部產生許多孢子，我們稱它為孢囊孢子；引起穀物和花生髮黴的麴黴，則是將菌絲頂端膨大形成球形的頂囊，頂囊的表面長出許多輻射狀的小梗，小梗的頂端長出成串的孢子，我們稱它為分生孢子。所有這些孢子都會在合適的條件下萌發而形成新的黴菌，使它們繁衍不息。由於這些孢子的形成過程中沒有發生兩性細胞的結合，所以屬於無性繁殖，這些孢子統稱為無性孢子。經過兩個性細胞的結合而產生新個體的過程為有性繁殖，經過細胞質和細胞核的融合，減數分裂形成有性孢子。黴菌的有性繁殖不及無性繁殖那麼經常與普遍，往往在自然條件下發生，在一般培養基上不常出現。其繁殖方式因菌種不同也有不同，有的黴菌兩條異性菌絲就可以直接結合，有的則由菌絲分化形成特殊的性器官，並形成有性孢子。