第一,大腸桿菌是一種常見菌種.人們對其細胞形態及生理生化特性已經瞭解比較深入,對於培養基配製與運載體匯入的具體技術等方面也就更容易把握.第二,細菌質粒(遊離於細菌等微生物細胞質中的小型環狀DNA分子)是基因工程常用的運載體(與目的基因結合的工具),而大腸桿菌質粒又是最常用的質粒,因為大腸桿菌質粒上有諸如抗青黴素基因等易於檢測的標記基因,並且容易使目的基因在宿主細胞中複製和表達.而最適合大腸桿菌質粒完成使命的場所當然就是它的天然來源—大腸桿菌.第三,大腸桿菌是一種典型兼性厭氧行細菌,由於體積小,表面積與體積的比例很大,並且能利用氧氣進行徹底生物氧化釋放大量能量,因而能夠與外界迅速進行物質和能量交換,並在體內迅速轉化.這樣一來使大腸桿菌新陳代謝極其迅速,就如同一個效率極高的化工廠,而與真正化工廠相比所需反應條件又很溫和,容易達到,其經濟效益是顯而易見的.綜合以上考慮大腸桿菌常選為宿主菌用於基因工程也就不足為怪了