遺傳背景清楚 ;目標基因表達水平高;表達系統成熟完善;易於培養（培養方法簡單、生長快、培養週期短、抗汙染能力強）、成本低;被美國FDA批准為安全的基因工程受體生物。缺點：表達產物缺少飯以後的修飾（如糖基化、烷基化、磷酸化、特異性的蛋白水解加工等）；同時高表達時易摺疊錯誤導致表達產物沒有活性，而且大腸桿菌本身含有內毒素和有毒蛋白，可能混在產物裡，應用受限。

真核基因在大腸桿菌中表達：

1，真核生物的啟動子不能被原核細胞（大腸桿菌）的RNA聚合酶識別；

2，真核生物的mRNA上沒有SD序列，因此不能被原核細胞核糖體結合；

3，真核生物的基因含有內含子，原核細胞缺乏見他們的轉錄物進行拼接加工的機制；

4，真核細胞的基因產物，往往需要翻譯後加工，真核細胞缺乏翻譯後加工有關的酶；

5，真核生物基因表達的蛋白質易被原核細胞蛋白酶所降解。