自然週期主要用於月經週期規律，排卵正常者。人工週期主要適用於月經不規律、無排卵或稀發排卵的女性。2、方式不同自然週期是透過人體自然生長的卵泡所產生的的內源性激素使內膜狀態發生改變，由增生期轉為分泌期，進而容受所移植的胚胎。人工週期是利用藥物來模擬自然受孕狀態時的內膜狀態以及體內雌孕激素水平。一般於月經週期早期起用雌激素來準備子宮內膜生長髮育，當超聲監測內膜厚度達到一定厚度時，內膜血供良好，排除宮腔粘連、內膜息肉等異常情況，可藥物模擬黃體功能，安排合適時間復甦凍胚準備移植。3、適用情況不同自然週期這種方案比較接近自然受孕狀態，但是時間不好掌握，有可能需要多次來院，也可能會錯過排卵或受排卵情況影響而不能移植。人工週期主要適用於年齡較大或者難以懷孕的情況，需要來院次數較少，用藥週期較穩定，不受排卵影響；但是需要使用較多藥物，對於合併高血壓、高脂血症等情況的患者會增加併發症的風險。