小嘉受到卓凱的威脅，被帶到了家強的地下室。得知卓凱射殺了小嘉及家強，並用炸彈殺死了家強關押的人，瑞安非常滿意。卓凱綁架羨昕到海邊親手殺了他，卻被隨後的羨晴看到。

卓凱告知公眾他成功參與了犯罪集團，並更成功地逮捕了瑞安和犯罪集團成員。出乎意料的是，瑞安設法逃走並打電話給綽凱，表示他打算透露有關香港所有臥底警察的資訊。

家強和小嘉被追殺，他們孤單而軟弱，小嘉打算自殺，這樣歹徒們就可以放走家強了。卓凱接到瑞安的電話，得知小嘉及羨晴被綁架，為了救人，家強和卓凱決定決定以身犯險。

《使徒行者1》大結局是：卓凱為斬草除根派人將羨昕綁架到海邊，親自開槍殺害羨昕。家強派出大批警察，將瑞安及其犯罪集團成員拘捕。殊不知瑞安成功逃身，並致電給卓凱，他打算公開全香港所有臥底警察的資料。家強與小嘉被追殺，兩人勢孤力弱，小嘉打算自殺以讓歹徒能放過家強。卓凱收到瑞安的來電，得知小嘉及羨晴被綁架，家強及卓凱以身犯險救人。羨昕為了阻止局長散播資訊，而遇上了保護資料的殺手無法反擊身陷險境。

大結局：前保安局局長錢瑞安是最大的黑警。利益集團宋先生那四個香港各界權貴只是他的下線。而葉sir和郭正華是宋先生的下線。五個臥底：丁小嘉，爆seed薛家強（和阿丁在一起了），ada(康sir情人，死了)，KOBE（大結局死了），林希微（利益集團宋先生其中之一龐言廷的情人，也死了。她是傳說中第五個變節的臥底）。最後一個鏡頭有人刪除了歡喜哥臥底資料~不過他是否變節這個估計要看續集或者電影吧。

在電影結尾處，浴血奮戰的藍博文倒在街上，在生命的最後，他口中喃喃自語，觀眾卻無法聽清他嘴中的臺詞，有觀眾認為，在此處，藍博文對邵志朗說的是“You are Black Jack！”表明了臥底身份的傳遞，藍博文留給邵志朗一個警察身份。