鹹蛋雖然不易腐壞，但一煮熟就不容易儲存了。貯存時要注意防止蛋內失水，鹹蛋一旦失水，就會導致蛋白髮黑，鹹度會增加。對用不同的醃製方法加工的鹹蛋，應採取不同的方法儲存。

1、如果是夏天比較熱的時候，可以放進冰箱冷藏室裡存放，注意不要冷凍，凍過的蛋很不好吃。一般放在冰箱上層冷藏室就行了。

2、如果在冬天比較冷時，可以把熟蛋放在乾燥通風的地方即可。注意不要放在太陽暴曬處，選擇陰涼的地方最好。比如廚房儲藏櫃頂部，樓梯下面等。

3、對於用鹽水醃製的鹹蛋，煮熟前不宜長期浸泡在醃製罐裡，把生鹹蛋拿出煮熟並晾乾後可以再放回到鹽水裡，隨吃隨取，這樣既能保證熟鹹蛋長時間放置不變質，也不會讓蛋越放越鹹。

4、如果是包泥醃製的鹹蛋，應保持泥皮溼潤，可定期用溼布給蛋保溼，並置於陰涼處，這樣能保證蛋半年不壞。

5、可以把熟蛋做真空處理，能保證蛋放比較長的時間，這需要專門的儀器。