農業配套設施在一定條件下可佔用基本農田。

根據國土資源部、農業部下發的《關於完善設施農用地管理有關問題的通知》（國土資發〔2010〕155號）中第二項第三條規定：

（三）引導設施建設合理選址。各地要依據農業發展規劃和土地利用總體規劃，在保護耕地、合理利用土地的前提下，積極引導設施農業和規模化糧食生產發展；

設施建設應儘量利用荒山荒坡、灘塗等未利用地和低效閒置的土地，不佔或少佔耕地。確需佔用耕地的，應儘量佔用劣質耕地，避免濫佔優質耕地，同時透過耕作層土壤剝離利用等工程技術等措施，儘量減少對耕作層的破壞。

對於平原地區從事規模化糧食生產涉及的配套設施建設，選址確實難以安排在其他地類上、無法避開基本農田的，經縣級國土資源部門會同農業部門組織論證，可佔用基本農田。佔用基本農田的，必須按數量相等、質量相當的原則和有關要求予以補劃。各類畜禽養殖、水產養殖、工廠化作物栽培等設施建設禁止佔用基本農田。