臺灣海峽中間航道水域是公海的國際航道。

按照《海洋法公約》的規定，在國際海峽，所有船舶和航空器、包括軍艦以及運載核武器的船舶（一般不能斷言其航行是無害的）都享有透過性航行權（right of transit passage）。這裡所說的透過性航行，指僅以迅速而不間斷的透過為目的的航行。這裡所說的透過性航行權，是指海峽兩岸的國家或地區有義務不得妨礙或者阻止透過性航行。可以說，在透過性航行制度成立之後，發達國家提出的關於國際海峽應具有與公海同樣的航行自由和飛越自由的主張基本上得到了國際社會的承認。。中國主張12海里領海範圍，臺灣海峽的兩端沒有一端是領海，臺灣島的外側也不能具備同樣方便的可替代性航線，而且臺灣海峽本身又正在用於（which are used for）國際航行，因此按照對中國有效的《海洋法公約》，在臺灣海峽不能適用傳統的無害通航制度，而只能適用新的透過性通航的制度。