這本書講述的是小女孩瑪麗的故事。小女孩瑪麗是個倔強、冷漠、任性、自私的小女孩，很不討人喜愛。她的親人全都死於霍亂，只有她不願出門，自己在兒童房裡度過了好多天而沒有被霍亂攻擊，成為那座大房子裡唯一的倖存者。她被送到了在約克郡的姑父克雷文先生家。剛來到克雷文先生家時，她還是個自理能力很差的孩子，但她漸漸地被她的女僕瑪莎吸引住了，還認識了瑪莎的媽媽，和瑪莎的弟弟迪肯結為了好友。她發現了克雷文先生鎖起來十年的秘密花園的鑰匙，她在花園裡和一隻紅腹知更鳥做了朋友，也一次次偷偷地為花園除草、剪枝，把花園的秘密告訴了迪肯，告訴了瑪莎的媽媽，告訴了表哥柯林。瑪麗在瑪莎講的故事的薰陶下，在和迪肯的一次次遊戲中，漸漸長成了一個結實健壯、開朗活潑的孩子。發現了蜷縮在走廊邊體弱多病、連父親都不願見到他的柯林表哥以後，瑪麗引導他，和迪肯一起改變他，教他站穩、行走，用“魔力”把柯林也變成了一個健壯開朗的男孩，讓度假回來的克雷文先生又驚又喜，因為他那個瘦弱的孩子，已經成長為一個英俊健康的少爺。