橫斷山脈西側降水多東側降水少。原因是西部受來自印度洋的西南季風影響，迎風坡降水多；東側背風地帶降水少。橫斷山脈南北差異大，北緯27°40′以南的地帶性植被為亞熱帶常綠闊葉林。西部受西南季風影響多地形雨，溫和溼潤；雲嶺一帶溼度減低，背風谷地更為乾旱。山地植被以雲南松為主，農業區主要在2，800米以下。2300米以下有茶、油桐、核桃、板栗等經濟林木。北緯27°40′以北垂直分帶明顯，2800～3800米分佈有高山松林、雲南松林，陰坡為雲杉林；3900～4200米為冷杉、紅杉林；4200米以上為高山灌叢、草甸帶；4800～5200米植被稀疏。農作物上限約在3910米左右。北緯30°以北，3200～4200米為寒溫帶針葉林，以雲杉林為主。橫斷山脈為中國重要林區，由於山勢坡度大，採伐不當，易致水土流失。橫斷山脈各處野生植物資源豐富，盛產貝母、金蟬花、冬蟲夏草、大黃、黨參、五味子、天麻等藥材。野生動物資源、水力資源也很豐富！