如果你手上有比較大量的純度比較高的蛋白質的話。可以嘗試用以下比較直接的方法：

1. isothermal titration calorimetry （ITC），直接測定兩個蛋白互相作用的Kd值。

2. AUC，也就是超速離心分析。可以直接測定兩個蛋白相互作用與否。

3.SAXS, 也就是X-ray小角散亂。不過技術難度比較大一些。

4. 溶液NMR，這個應該可以但不太瞭解。

5. 結晶再解構，這個不用解釋了。比較究極一點。

6.cryo-EM，同上。比較究級的方法。

7. 最簡單常用的，gel-filtration，觀察有沒有oligomer的分子量峰出現。但是相互作用弱的話很難觀測到。

8.更簡單常用的nativePAGE，同上，相互作用弱則很難觀測到。

9.用氨基架橋試劑共價連線，然後SDS-PAGE。看看有沒有oligomer的帶。暫時想到這些，跨度比較大。