一次性醫用無菌口罩，即不允許細菌存在。一次性醫用非無菌口罩即沒有完全消滅細菌，在符合微生物控制標準的前提下，允許一定量細菌存在。非無菌口罩只能有阻隔飛沫，防塵防霾的作用，但非無菌口罩在醫院使用較多。

1.滅菌程度

滅菌程度是一次性口罩無菌與非無菌的區別之一，雖然兩者都是在無菌車間生產的，但是無菌型口罩的滅菌程度和標準會遠遠大於非無菌型，且生產滅菌口罩車間的無菌級別會高於非無菌型。

2.微生物指標

無菌型口罩和非無菌型口罩都屬於一次性醫用口罩，都是按照YY/T0969的規定生產的，但是兩者對口罩的微生物指標也有所不同，無菌型口罩要求無菌，而非無菌型口罩只是對微生物有限度要求。

3.用途

非無菌一次性以用口罩通常指的是普通的防塵口罩，這種口罩在工廠車間使用的比較多，平時遇到霧霾天或大風天氣，也可以佩戴這種口罩進行防護，而無菌口罩在醫院使用的比較多。