黑木耳以有性繁殖方式傳留後代，但在人工培育菌種時，卻分“有性繁殖”（孢子分離）和“無性繁殖”（耳木分離、組織分離）兩種方法。（1）有性繁殖人工分離母種是根據黑木耳子實體成熟時，能夠彈射孢子的特性，使子實體上的許多不同性的擔孢子著落在培養基上，萌發之後產生不同性的單核菌絲，經異宗結合成為雙核工業菌絲，即為菌種。這種按照黑木耳自然繁殖方式進行人工繁殖的方法，稱為黑木耳菌種的有性分離或有性繁殖。（2）無性繁殖黑木耳子實體的組織和耳木裡面的菌絲，有很強的生命力，具有“無性”繁殖的效能。在自然界裡，黑木耳無法進行大量的無性繁殖，只有透過人工分離，才能使無性繁殖獲得成功。無性分離方法是從黑木耳子實體或耳木中人工分離菌絲體，在培養基上使其回覆到菌絲髮育階段，變成沒有組織分化的菌絲來提取母種。用這種分離方法獲得母種，既方便又較有把握，其子實體和菌絲體都是近緣有性世代，遺傳基因比較穩定，抗逆力強，母系的優良品質基本上可以繼承下來。