1、是覆蓋的人群不同：

城鎮居民醫保主要覆蓋城鎮戶籍的居民，新農合主要覆蓋農村戶籍居民。

2、是管理的部門不同：

城鎮居民醫保主要由人社部門管理，新農合多數地方由衛生部門管理。

3、是保障待遇的側重點不同：

城鎮居民醫保主要保住院和門診大病兼顧普通門診，所以住院及門診大病待遇都要高於新農合。新農合的門診待遇水平要高於城鎮居民醫保。

4、報銷比例不同：

城鎮居民醫保住院費用報銷比例分別達70%左右，新農合住院費用報銷比例分別達75%左右。基本醫保住院費用報銷封頂線逐年提高，新農合已普遍提高到15萬元，城鎮居民醫保最高的統籌地區達12萬元。

5、報銷的醫藥目錄不同：

新農合可報銷的醫藥目錄比城鎮醫保少，新農合在鄉鎮醫院報銷比例高，在市級醫院平均報銷比例比城鎮醫保低百分之一二十，最高封頂也比城鎮醫保少。

6、繳費標準不同：

新農合一年繳費大概在200元左右。社保因為有五險，繳費比新農合高很多，社保最低繳費也要1000元以上，繳費標準是按照工資來計算的，工資越高，交的金額就越高，而且是每個月交一次。

7、參保年限不同：

新農合參保年限一年一交，社保參保年限是每月一繳，斷繳後次月起醫療無法報銷。參保累計滿15年，退休後可每月領取養老金。一般來說參保男性滿25年，女性滿20年，退休後仍然可以享受醫療報銷待遇。