食用菌的孢子就相當於植物的種子。在自然界中，食用菌就是靠孢子來繁殖後代的。孢子藉助風力或某些小昆蟲、小動物傳播到各地，在適宜的條件下，萌發成菌絲體，進而形成子實體。雖然孢子是食用菌的種子，但在人工栽培時，人們至今都不用孢子直接播種。因為孢子微小，很難在生產中直接應用，而是用孢子或子實體組織、菌絲組織體萌發而成的純菌絲體作為播種材料。人們通常所說的菌種，實際上就是指經過人工培養的純菌絲體。

根據菌種使用的目的可分為保藏用菌種、試驗用菌種、生產用菌種三個型別；根據菌種的物理性狀，可把菌種分為液體菌種、固體菌種、固化菌種三種；按照食用菌培養物件和培養料的不同，可將菌種分為木質菌種、和草質菌種兩類；按照食用菌培養基的不同，可將食用菌分為糞草菌種、穀粒菌種、顆粒菌種、枝條菌種、木塊菌種、木屑菌種、礦石菌種等；在實際生產中，應用最廣泛的是根據菌種的來源、繁殖代數及生產目的，把菌種分為母種、原種和栽培種。