這二者之間是有很大區別的，衛食字，是指純食品，階衛健字確有著保健功能。

1、頒佈機構不同：衛食健字是國家衛生部2004年及以前的批准號，衛生部對審查合格的保健食品發給《保健食品批准證書》，獲得批准證書的保健食品允許使用衛生部規定的保健食品標誌。國食健字由國家食品藥品監督管理局批准的產品批准文號，保健食品的質量標準由國家質量監督檢驗檢疫總局頒佈。

2、格式不同：衛食健字格式有：中國產保健品批號格式是：衛食健字（年號）第××××號。進口保健品批號格式是：衛食健進字（年號）第××××號兩種。國食健字格式有：中國產保健品批號格式為：國食健字G+4位年代號+4位順序號，進口保健品批號格式為：國食健字J+4位年代號+4位順序號兩種。

3、有效性不同：自2004年國家成立食品藥品管理監督局後，衛食健字號一律要重新審批轉為國食品健字號。國家食品藥品監督管理局對保健食品生產企業原來批准的證書重新登記稽核，以往兩種批准文號衛食健字及國食健字被統一規範為國食健字。