肛門囊腫也就是臨床上常說的肛周膿腫。對於表淺的膿腫患者，可以選擇口服抗凝藥物，一般常用的廣普的抗凝藥物，如第三代頭孢菌素、頭孢克肟等；對於範圍相對較大的膿腫還需要聯合用藥，一般選擇第三代頭孢菌素、氨基糖苷類抗生素，以及抗厭氧菌的藥物，常用的藥物有頭孢唑啉舒巴坦、頭孢曲松、頭孢唑喃、甲硝唑、奧硝唑、硫酸依替米星、左氧氟沙星等。此外對於肛周膿腫，區域性還可以應用金黃膏、四黃膏以及入玉露等。另外，對於膿腫壓力較高，引起疼痛較為明顯的患者，還可應當給予及時的手術處理。常用的手術處理方式包括抽膿減壓，這只是暫時性的處理方式，不能夠代替手術。切開排膿，可以在局麻下進行，也是一種急診處理方式，有可能還需要二次手術，找出內口，待瘻管形成後行根治性的切除。而對於根治性的手術是目前比較推廣的手術方式，患者可以透過一次性的手術解決所有的問題，術中需要採取半切割的掛線放置引流管，以不切斷肛門的直腸環，而使膿腔癒合。