1、科屬區別：從所屬的綱來看，沙丁魚和巴沙魚都是硬骨魚綱。不過它們所屬的目和科都是不同的。沙丁魚屬於鯡形目和鯡科，但巴沙魚則屬於鯰形目、巨鯰科。

2、外觀區別：沙丁魚和巴沙魚從外觀來看都是銀色的魚，不過仔細觀察的話會發現二者的差別還是比較大的。它們的身體形狀就是不同的，沙丁魚的身體形狀非常細長，而巴沙魚的形狀則顯得比較寬而扁。

3、體型區別：沙丁魚和巴沙魚的體型也是不同的。沙丁魚的體型比較小，它們的身長一般都在15-30公分之間，很多沙丁魚的體重不超過100克。但巴沙魚的體型相對來說就大得多了，有些巴沙魚的體重可以達到15千克。

4、分佈地域區別：沙丁魚和巴沙魚的分佈地區也是不同的。沙丁魚分佈在緯度比較低的海洋之中，也就是比較溫暖的地方；而巴沙魚則的原產地是在湄公河地區，具體的分佈國家有越南、泰國等等。也就是說，沙丁魚屬於海魚，而巴沙魚則屬於淡水魚。