蜂巢蜜的保質期一般是18個月或者2年。其實蜂巢蜜在儲存良好的情況下，可以儲存很長時間，甚至超過保質期。蜂巢蜜是經蜜蜂釀製成熟並封上蠟蓋的蜜脾，由蜂巢和蜂蜜兩部分組成，其中的蜂蜜含有酸性物質和高濃度糖類物質，這些物質產生的滲透壓可以抑制細菌的滋生，有一定的殺菌作用，進而有利於儲存。

成熟的蜂巢蜜含水量低於20%，也保證了儲存時間。不過有些時候還是可以看到蜂巢蜜變質，這可能由於儲存不當。當蜂巢蜜中的水分含量超過21%時，就為酵母菌的生存提供了有利條件，條件適宜的時候酵母菌會在蜂巢蜜中大量的生長繁殖，不斷分解蜂巢蜜中的葡萄糖和果糖，產生了酒精和二氧化碳，於是蜂巢蜜出現變質現象。

放冰箱可以放好幾年。蜂巢是經蜜蜂釀製成熟並封上蠟蓋的蜜脾，有蜂巢和蜂蜜兩部分組成的一種成熟蜜，優質成熟蜂巢蜜有很強的抗菌能力，但一般開封后要放入冰箱低溫儲存，放入冰箱中後更加抑制了細菌的生長，如果儲存良好的情況下，儲存時間比較長，如果不經常吃，可以密封放入冷藏室中，可以很久不變質。

蜂巢蜜的保質期受儲存方法有很大的影響，蜂巢蜜在蜂巢中幾乎是沒有保質期的，可以長久的儲存下來，這與蜜蜂經常性的清理替換有著非常密切的關係；而採取之後，在常溫下只能存放5~10天；如果放在放在冰箱中能延緩其變質，能儲存1~3個月。