捕蠅草透過種子進行繁殖，屬於種子植物。捕蠅草可以自花授粉，但通常得進行人工授粉才確實會結果。

捕蠅草的花開時，並非是雌、雄蕊都是同時成熟的。當花剛開時，其雄蕊已經成熟了，但雌蕊並未成熟，此時替它授粉是沒用的。捕蠅草的雌蕊通常比雄蕊慢一天成熟，故正確的做法是等花開的第二天後再進行授粉的工作。我們也可以觀察雌蕊的型態來判斷是否成熟。未成熟雌蕊末端的柱頭是圓的，成熟雌蕊末端的柱頭會裂開，像綿絮狀；只有成熟的雌蕊才能成功授粉。

若授粉成功，花會在1～2天內凋謝，而子房(雌蕊的基部)會膨大，再過數星期果實就能成熟。捕蠅草的種子呈黑色，水滴狀；一個果實通常含有十幾粒種子。種子的數量和植株本身的健康、大小有關，健壯的植株通常能結多一點種子。有時候授粉的方法正確，但種子還是結不出來，最大的問題就是捕蠅草不夠健壯，或是在開花期間沒有持續給予足夠的光照，此時就算成功授粉，也難以結出種子。