它具有以下優點：

⒈ 直接用粗生物樣品（血清、尿、體液）進行分析

⒉ 同時快速發現多個生物標記物

⒊ 小量樣品

⒋ 高通量的驗證能力

⒌ 發現低丰度蛋白質

⒍ 測定疏水蛋白質： 與“雙相電泳加飛行質譜”相比，除了有相似功能外，並可增加測定疏水蛋白質

⒎ 在同一系統中集發現和檢測為一體 特異性高 利用單克隆抗體晶片，可鑑定未知抗原/蛋白質，以減少測定蛋白質序列的工作量。

8.可以定量 利用單克隆抗體晶片，由於結合至晶片上的抗體是定量的，故可以測定抗原量，但一般飛行質譜不用於定量分析。

9.功能廣 I. 利用單克隆抗體晶片，可替代 Western Blot，Ⅱ. 利用單克隆抗體晶片，可互補流式細胞儀不足的功能，如將細胞溶解，可測定細胞內的抗原，而且靈敏度遠高於流式細胞儀）。