應該按照6000的。但是在真實的職場，你的這個加班工資起點問題不重要。

和公司處於良好關係的時候，加班工資多少由公司定，你能留下來加班，就說明加班工資是你滿意的。

這些理論資料比較適合用在和公司產生糾紛的時候。

順便說一下公司合同上寫2000，實際工資6000的目的。

他的初衷主要就是為了逃避法律規定的以工資為基數計算的繳納社會保險費、計算加班費的責任。甚至，有些hr在解除員工合同的時候也試圖按照最低薪資賠付。

但是，這樣是不合法的。

在司法實踐中，如果有銀行流水記錄，工資簽字表等證據證明企業發放的工資為較高那個金額，一旦發生糾紛，不管是仲裁機構也好，法院也罷，都會支援以實際工資為準。

如果你的問題本來也為以後糾紛在做準備，那還可以補充一點，以你的例子為例，實際工資的計算標準不僅僅是6000，是你能拿出證明證實公司給你的一切酬勞，包括工資，加班工資，福利，補貼，以及年終獎等。

嗯，你的社保也不能按照2000來繳納，應該是這些明目加權平均後的金額。

不過，我還是會勸所有員工，多些體諒，有疑問及時溝通，同事一場也是緣分。

根據工資支付暫行規定的解釋，加班費的計算是“勞動合同約定的工資標準”。一般情況下，勞動合同約定的工資標準是指實際履行的工資標準，有些地方政策規定為“正常出勤情況下的工資”，不包括績效獎金、風險性部分；如果不能剔除的，一般可按照實際工資收入的70%確定加班費的基數。

原則上來說應該按照合同標準辦理。勞動合同是確定雙方權利義務的依據，在合同約定內容不違反法律的情況下，雙方應當按照合同約定履行義務，因此正常情況下當按照勞動合同辦理。

但是，你這種情況比較特殊，事實上已經形成了對合同內容的變更，即對於勞動報酬內容進行了變更。並且這種變更是在雙方意思表示一致的情況下做出的變更，真實有效，對雙方具有約束力。所以，關於加班費基數也應當以變更後的實際工資為標準，即應當以6000為標準。

當然，對於變更合同內容的，還是要即時訂立書面勞動合同，畢竟我們國家實行勞動合同制度，雙方的權利義務都是以書面合同為依據的，如果發生爭執書面合同也是一個重要的證據材料。