Jahn於1949年曾提出微生物的六界分類系統，包括後生動物界、後生植物界真菌界、原生生物界、原核生物界和病毒界。中國學者王大耜等也提出過六界的設想，即在上述五界系統的基礎上再加上一個病毒界;1996年，美國的P.H.Raven等提出包括動物界、植物界、原生生物界、真菌界、真細菌界和古細菌界的六界系統

物種分類通常包括七個主要級別：種、屬、科、目、綱、門、界。種（物種）是基本單元，近緣的種歸合為屬，近緣的屬歸合為科，科隸於目，目隸於綱，綱隸於門，門隸於界。

隨著研究的進展，分類層次不斷增加，單元上下可以附加次生單元，如總綱（超綱）、亞綱、次綱、總目（超目）、亞目、次目、總科（超科）、亞科等等。此外，還可增設新的單元，如股、群、族、組等等，其中最常設的是族，介於亞科和屬之間。

生物分類的六界分別是真細菌界、古菌細菌界、原生生物界、真菌界、植物界、動物界。

1、真細菌界：屬真核生物，是真菌的最高分類階元。

2、古菌細菌界：多生活在極端的生態環境中。具有原核生物的某些特徵，如無核膜及內膜系統。

原生生物：地球上出現最早的單細胞或簡單多細胞生物之總稱。（《微生物學名詞》第二版）原生生物可以等價於簡單的真核生物，不是原核生物，比原核生物在進化上高階。