系統工會是指同一個系統或行業內單位工會組成的工會聯合會，而基層工會則是一個單位的工會。兩者之間，是領導與被領導的關係，是集體和個體的關係。

系統工會組織是基層工會組織的上級領導部門，系統工會組織做年計劃時會根據本系統不同的區域或情況制定不同的工作安排，並指導和檢查、督促基層工會工作。

基層工會組織必須按照系統工會的統一安排開展具體工作並將各項具體工作落實到位。

工會聯合會是指由若干個企業、事業單位，在各自成立基層工會組織並民主選舉產生本單位工會委員會的基礎上，在一定的區域或行業範圍內，按聯合制、代表制原則，建立的區域或行業性基層工會組織。基層工會聯合會的委員由其下屬基層工會的主席和有關方面代表參加組成。鄉鎮、街道的基層工會聯合會，其實質是一種區域性的基層工會聯合會。基層工會聯合會，是基層工會的重要組織形式，加強基層工會聯合會組織建設，對於在新形勢下加強基層工會工作，充分發揮基層工會組織的作用具有重要意義。