醫保局的單位性質是國家行政機關，隸屬於當地人力資源和社會保障局。醫保局的主要職責：1.負責受理基本醫療保險、工傷保險、生育保險和離休幹部醫藥費統籌基金的核定、支付、管理以及其它日常事務，2.為參加基本醫療保險、工傷保險和生育保險的用人單位、職工、離休幹部提供相應的管理服務。

屬於事業單位，主要職責如下：（一）負責本市醫療保險基金的預、決算編制及管理、支付、稽核工作。（二）負責本市醫療保險個人賬戶管理及資金的結算、支付工作。（三）負責本統籌區社會保險醫療費用複審、結算及就醫管理工作。（四）負責本市公費醫療管理和公務員基本（補助）醫療費用複審、結算及就醫管理工作。

（五）負責新醫改方案的組織實施以及非統籌區參保人在本市就醫醫療費用代辦結算、就醫管理服務工作。（六）負責與社會保險定點醫、藥機構簽訂醫療服務協議，並進行相關政策宣傳、業務培訓；協助勞動保障行政部門對定點醫、藥機構執行政策、規定及醫療服務協議等情況進行指導、監督、檢查和定期考評、考核，對住院定點醫療機構實施駐點監督管理工作；負責定點醫、藥機構的記賬醫療費用稽核工作。

（七）負責對二級經辦機構辦理的門診特定專案以及二次返院、轉診轉院、異地就醫審批等業務事項進行監督檢查。（八）負責社會保險醫療經辦業務管理服務標準、規程、宣傳資料的編寫，提供相關業務的查詢、諮詢服務，受理有關投訴工作。（九）負責對社會保險醫療業務資訊系統提出需求及測試，負責標準庫建設及資料管理維護工作。

（十）組織、參與社會保險醫療經辦業務、相關政策的調研及統計分析。（十一）負責二級醫療保險經辦機構的統籌、指揮和管理。