產科門診會為新生兒接種第1劑乙肝疫苗，剩餘的2劑都是在居住地所在街道的社群衛生服務中心接種門診接種。如果第一劑乙肝疫苗因故沒有在產科接種，可以在社群接種門診補種。

新生兒應於出生後24小時內儘早接種第1劑乙肝疫苗。危重症新生兒，如極低出生體重兒、嚴重出生缺陷、重度窒息、呼吸窘迫綜合徵等，應在生命體徵平穩後儘早接種第1劑乙肝疫苗。乙肝病毒表面抗原（HBsAg）陽性母親所生新生兒，可按醫囑在出生後接種第1劑乙肝疫苗的同時，在不同(肢體)部位肌肉注射100國際單位乙肝免疫球蛋白（HBIG）。

對HBsAg陽性母親所生兒童，建議兒童接種第3劑乙肝疫苗1～2個月後進行HBsAg和抗-HBs檢測。若發現HBsAg陰性、抗-HBs＜10mIU/ml，監護人應將檢測結果告知社群接種門診，社群接種門診可按照0、1、6月免疫程式再接種3劑乙肝疫苗。

HBsAg陽性或不詳的母親所生的早產兒、低體重兒也應在出生後24小時內儘早接種第1劑乙肝疫苗，但在該早產兒或低體重兒滿1月齡後，建議再按0、1、6月程式接種3劑乙肝疫苗。監護人應主動向社群接種門診提供兒童早產兒、低體重的資訊，以便社群接種門診安排後續接種。