異常憑證如果是增值稅失控發票的話，可以按照如下操作處理：

（1）識別失控發票形成原因：

如果可以聯絡開票單位，就儘快與對方協商解決方案。例如之前一個客戶因為異地經營報稅期漏申報導致期間開具的發票為失控發票，這時找到所屬稅務局說明情況，兩地稅務局透過內部溝通審批流互通納稅資訊，將說明函給予對方單位，對方單位就可以正常申報進項稅了。

如果無法與開票單位取得聯絡，俗稱失聯企業，這時失控發票就不能做進項稅抵扣，需要做進項稅轉出，當然轉出後與所屬稅務局聯絡上報轉出情況，把相關發票和轉出記錄等材料報送，此發票不能作為進項稅抵扣的依據。

如果失聯企業的失控發票涉及企業所得稅，還不能作為成本費用稅前抵扣，這個也有一個真實身邊的案例，就是一個客戶房租發票被稅務局鎖定為失控發票，與稅務局解釋原因後稅務局認定此發票為假髮票，不能作為成本費用在所得稅前列支抵扣，最終下達整改函要求限期整改，1個月內無法取得真實有效發票需要補交企業所得稅20萬元。

（2）如果是增值稅普通發票：

這樣，先排除了失控發票的問題，因為現在稅務局的失控發票監管集中在專用發票，如果是普通發票可以透過增值稅查驗平臺進行驗證，當驗證不符時建議企業做如下處理：

儘快與開票企業取得聯絡，說明發票不符原因，讓對方重新開具發票。

（3）如果開票單位拒絕重新開具發票怎麼辦？

說明失控發票或假髮票的嚴重性，與對方財務直接溝通，如果仍然無法解決，可以藉助其所屬稅務局進行情況說明或舉報。

一、一般納稅人取得異常憑證後稅務機關會怎麼處理？ 一般納稅人取得的異常扣稅憑證按不同情形區分處理：

1、一般納稅人取得異常憑證，尚未申報抵扣或申報出口退稅的，暫不允許抵扣或辦理退稅；

2、已經申報抵扣的，一律先作進項稅額轉出；

3、已經辦理出口退稅的，稅務機關可按照異常憑證所涉及的退稅額對該企業其他已稽核透過的應退稅款暫緩辦理出口退稅，無其他應退稅款或應退稅款小於涉及退稅額的，可由出口企業提供差額部分的。

4、經核實，符合現行進項稅額抵扣或出口退稅相關的，企業可繼續申報抵扣，或解除並繼續辦理出口退稅。

1、增值稅的處理

《國家稅務總局公告2019年第38號》（檔案自2020年2月1日起執行）規定，符合下列情形之一的增值稅專用發票,列入異常憑證範圍：納稅人丟失、被盜稅控專用裝置中未開具或已開具未上傳的增值稅專用發票；非正常戶納稅人未向稅務機關申報或未按規定繳納稅款的增值稅專用發票；增值稅發票管理系統稽核比對發現“比對不符”“缺聯”“作廢”的增值稅專用發票；經稅務總局、省稅務局大資料分析發現，納稅人開具的增值稅專用發票存在涉嫌虛開、未按規定繳納消費稅等情形的；屬於《國家稅務總局關於走逃（失聯）企業開具增值稅專用發票認定處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第76號）第二條第（一）項規定情形的增值稅專用發票。

按照《國家稅務總局公告2019年第38號》，第三條第一款尚未申報抵扣增值稅進項稅額的，暫不允許抵扣。已經申報抵扣增值稅進項稅額的，除另有規定外，一律作進項稅額轉出處理。

如企業為納稅信用A級，可適用第三條第四款，納稅信用A級納稅人取得異常憑證且已經申報抵扣增值稅、辦理出口退稅或抵扣消費稅的，可以自接到稅務機關通知之日起10個工作日內，向主管稅務機關提出核實申請。經稅務機關核實，符合現行增值稅進項稅額抵扣、出口退稅或消費稅抵扣相關規定的，可不作進項稅額轉出、追回已退稅款、衝減當期允許抵扣的消費稅稅款等處理。納稅人逾期未提出核實申請的，應於期滿後38號按照本條第（一）項、第（二）項、第（三）項規定作相關處理。

2、企業所得稅

企業取得異常憑證後，企業所得稅區別一下情況處理：

按照《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》國家稅務總局公告2018年第28號 規定：

第十三條 企業應當取得而未取得發票、其他外部憑證或者取得不合規發票、不合規其他外部憑證的，若支出真實且已實際發生，應當在當年度彙算清繳期結束前，要求對方補開、換開發票、其他外部憑證。補開、換開後的發票、其他外部憑證符合規定的，可以作為稅前扣除憑證。

第十四條 企業在補開、換開發票、其他外部憑證過程中，因對方登出、撤銷、依法被吊銷營業執照、被稅務機關認定為非正常戶等特殊原因無法補開、換開發票、其他外部憑證的，可憑以下資料證實支出真實性後，其支出允許稅前扣除：

（一）無法補開、換開發票、其他外部憑證原因的證明資料（包括工商登出、機構撤銷、列入非正常經營戶、破產公告等證明資料）；

（二）相關業務活動的合同或者協議；

（三）採用非現金方式支付的付款憑證；

（四）貨物運輸的證明資料；

（五）貨物入庫、出庫內部憑證；

（六）企業會計核算記錄以及其他資料。

前款第一項至第三項為必備資料。