晚明三大疑案或稱明末三大案，明朝末期宮廷中發生的梃擊案、紅丸案、移宮案的總稱。這三起事件標誌著明末紛亂和衰亡的開始，故有“三大案”之稱。

梃擊案是明朝三大迷案之一。事發時間明萬曆四十三年五月初四（1615年5月30日）瘋漢張差闖入太子宮，持棍亂打太子朱常洛，驚動朝廷。太子之爭，舉棋不定釀禍端，是報復，還是栽贓，撲朔迷離。最終以張差之死而告終，梃擊疑案糊塗了結。

萬曆四十八年（1620年）七月，朱常洛即位，為泰昌元年，鄭貴妃為保全自己，取悅新帝，從侍女中挑選了8名能彈會唱的美姬進獻給泰昌帝。貪婪酒色的泰昌帝納8姬後，本已虛弱的身體更加不堪。泰昌帝懼怕死亡，決計服用紅丸。初服一丸，四肢和暖，思進飲食，再進一丸，於次日凌晨即亡。此藥為紅色，稱“紅丸”。

朱常洛登基後寵妃李選侍照顧皇長子朱由校遷入乾清宮。不到一個月後，朱常洛死於紅丸案。李氏與太監魏忠賢密謀，欲居乾清宮，企圖挾皇長子自重；都給事中楊漣、御史左光斗等，為防其干預朝事，逼迫李選侍移到仁壽宮噦鸞宮。李選侍萬般無奈，懷抱所生八公主，倉促離開乾清宮，移居仁壽宮內的噦鸞宮。

明末三大案分別是梃擊案、紅丸案、移宮案。

1、梃擊案，發生在萬曆年間，一位名叫張差的男子手持木棍闖入皇太子居住的慈慶宮並打傷守門宦官李鑑，後被捕。後經審問，顯示鄭貴妃與此案有關。後不了了之，一些主張繼續追查的官員事後都受了輕重不等的處分。

2、紅丸案，光宗因過度縱慾，即位五天後就得了腹瀉之疾。光宗服用了一位與鄭貴妃關係密切的太監崔文升所進的藥物，結果病情加劇。西李以侍奉為由入住光宗寢殿。八月廿九日，鴻臚寺丞李可灼獻上一顆紅丸，光宗服後獲得暫時的舒適。黃昏後再食一顆，到半夜去世。此即為紅丸案。結果，朝中謠言遍起。

3、移宮案，光宗去世後，西李據守乾清宮，與心腹太監魏忠賢要挾皇太子。李氏還要求官員要先將奏章給她看，再給朱由校看，導致強烈反彈。群臣也因此聯合要求西李移宮。在群臣催促下，西李不得不移出乾清宮。結果四年後，熹宗又封西李為康妃，次年更頒佈《三朝要典》，顛倒三大案的黑白。

這三起事件本身並不是很重要，但是卻標誌著明末紛亂和衰亡的開始，故有“三大案”之稱。