1、顏色區別：

玉米澱粉顏色要暗一些，木薯澱粉呈白色。

2、口感區別：

玉米澱粉口感、性質是無法和紅薯相比的。木薯澱粉的天然的強筋原料，口感像紅薯澱粉一樣柔軟筋道，有薯香。

3、耗糊量區別：

玉米澱粉顆粒較小，須膨脹到一定之程度，才會產生粘性，所以使用粘度略高，其乾燥速度較慢，所以修邊機出來之漿糊較溼，一般而言，耗糊量略高。木薯澱粉顆粒較大，稍為膨脹，漿糊就會產生粘性所以使用粘度略低，其乾燥速度較快，所以修邊機出來之漿糊較幹，一般而言，耗糊量略低。

4、使用區別：

玉米澱粉適合做菜勾芡，作為原料可以直接用於粉絲、粉條、肉製品、冰激凌等方面，需求穩定。

木薯澱粉適合做需要精調味道的食品，比如蛋糕布丁或西餅的餡料。它的粘性很高，可以做為增稠劑、粘結劑、膨化劑和穩定劑，同時木薯澱粉也是製作口香糖和果凍的原料。