明朝管今天的印度尼西亞叫瓜哇。

1222年—1292年引發了元爪戰爭，之後王室藉助元朝軍隊在爪哇建立了印尼歷史上最強大的麻喏巴歇封建帝國1293年—1478年。

15世紀，葡萄牙、西班牙和英國先後侵入。1596年荷蘭侵入，1602年成立具有政府職權的“東印度公司”，1799年底改設殖民政府。

1942年日本佔領印尼，1945年日本投降後，印度尼西亞八月革命爆發，1945年8月17日宣佈獨立，成立印度尼西亞共和國。

印度尼西亞獨立後，先後武裝抵抗英國、荷蘭的入侵，發動了三次獨立戰爭。

1947年後，荷蘭與印尼經過多次戰爭和協商，於1949年11月簽訂印荷《圓桌會議協定》。

根據此協定，印尼於同年12月27日成立聯邦共和國，參加荷印聯邦。

1950年8月印尼聯邦議院透過臨時憲法，正式宣佈成立印度尼西亞共和國，同一年印尼成為聯合國第60個成員國。1954年8月脫離荷印聯邦。

1967年，印尼與馬來西亞、菲律賓、新加坡和泰國成立了“東南亞國家聯盟”（ASEAN，簡稱“東盟”），東盟已經擁有10個成員國，印尼是最具影響力的成員之一。

1997年亞洲金融危機對印尼造成全面衝擊，引起局勢動盪。

1998年5月，執政長達32年的蘇哈托總統辭職，副總統哈比比接任總統。1999年10月，印尼人民協商會議（簡稱人協）選舉瓦希德為總統，梅加瓦蒂為副總統。

2001年7月23日，人協特別會議以瀆職罪罷免瓦希德總統職務，梅加瓦蒂接任總統，哈姆扎·哈茲任副總統。

2004年7月，印尼舉行歷史上首次總統直選，原政治安全統籌部長蘇西洛和人民福利統籌部長尤素夫·卡拉（Muhammad Jusuf Kalla）透過兩輪直選勝出，2004年10月20日宣誓就任總統和副總統。

2005年8月，印尼政府與“亞齊獨立運動”分離組織達成和平協議。2006年7月，印尼國會透過亞齊管理法。

2006年12月，亞齊舉行地方選舉，前“亞獨運動”領導人伊爾萬迪·尤素夫（Irwandi Yusuf）和穆罕默德·納扎爾（Muhammad Nazar）當選省長和副省長。

2012年4月，前“亞齊獨立軍”領導人宰尼·阿卜杜拉（Zaini Abdullah）和穆扎基爾·馬納夫（Muzakir Manaf）當選省長和副省長，任期至2017年。

2006年7月，印尼國會透過新《國籍法》，取消部分帶有種族歧視和性別歧視的內容。2008年10月，印尼國。