第一，由於統治者改變考試內容使科舉成為束縛知識分子思想的枷鎖。明太祖將源於元朝的八股文體正式定為科舉考試文體。

第二，由於入仕途徑單一，只有透過科舉考試的人才能做官，而很多人又有做官就能發財的想法，所以導致追求部分士人產生了畸形的價值觀，從而催生一些家庭和社會悲劇。

第三，科舉制度導致官場腐敗。科舉制度隨著歷史車輪的推進，出現了科舉制度的政治化，天地君親師的教育又造成了師門關係的盛行。

科舉制的弊端：

一、科舉制度的利表現在如下幾個方面：

1、科舉制度有利於控制思想文化。政治經濟決定思想文化，但思想文化對政治經濟又有不可忽略的反作用，且不僅是維護國家安穩的保障還能成為顛覆證券的有力武器。書院有利於集中傳播統治階級的意識，選拔能夠為統治者效勞的擁護者。

2、科舉制度有利於教育的發展和文化的繁榮。科舉給予了士人權利和財富，得到熱切的追捧，而科舉考試不僅能夠滿足慾望還能傳播文化促進教育的延續和發展。

3、科舉制度能夠打破階級桎梏。門閥階層壟斷仕途，阻礙了庶族階層的向上流動，科舉制度有利於打破壟斷，擴大統治階層。

4、科舉制度對各國選拔人才具有借鑑意義。隋唐時期出現了文化交流，南韓、日本、越南均有效法中國的科舉制度，後經傳教士的影響，西方國家也吸收了科舉制度的優點。

二、科舉制度的弊端體現在如下幾個方面：

1、科舉制度禁錮了人們的思想。標準化的考試禁錮了考生的思想，傳播有利於國家統治的思想而除去不利於統治的內容，考生不能自由發揮，逐漸喪失思想和進取意識。

2、科舉制度阻礙了科技和文藝的發展。知識分子集中精力放在科舉考試上，嚴重脫離實際，腦力勞動與體力勞動分離，對於自然及其他方面關注較少。

3、科舉制度導致官場腐敗。師門關係盛行，拉幫結派並且官官相護，科舉考試也腐敗，庶族階層的仕途渺茫。

4、科舉使學校成為科舉的附庸。書院由獨立的組織逐漸依附科舉，科舉考什麼內容、如何考都會影響到書院。

5、科舉考試並非完全公平。科舉考試逐漸腐敗，許多優秀的人才尚未被髮掘，貧苦人家沒有錢參與科舉考試，女子不能參加科舉。

消極影響有：

①束縛人們思想、眼界。成為維護封建專制的工具。

②科舉考試的內容只偏重人文倫理，輕視自然科學 ，長期以來造成讀書人只顧死記硬背經書註解，無人研究科學技術，乃至造成中國科技逐漸落後。

科舉制的發展及演變：

①隋文帝開始用分科考試的方法選拔官員（創立科舉），隋煬帝時正式設進士科，按考試成績選拔人才，中國科舉制度正式誕生。

②唐太宗時，擴充國學的規模，增加考試科目；武則天時，大量增加科舉取士的人數，首創武舉和殿試；唐玄宗時，詩賦成為進士科的考試內容。

③明清時期，明清時期實行八股取士，規定科舉考試只許在四書五經範圍內命題，考生只能根據指定的觀點答卷，不準發揮自己的見解。

④清朝末年，在中國封建社會延續了一千三百多年的科舉制度被廢除。