細菌的不同顯色反應是由於細胞壁對乙醇的通透性和抗脫色能力的差異，主要是肽聚糖層厚度和結構決定的。

經結晶紫染色的細胞用碘液處理後形成不溶性複合物，乙醇能使它溶解，所以染色的前二步結果是一樣的，但在G+細胞中，乙醇還能使厚的肽聚糖層脫水，導致孔隙變小，由於結晶紫和碘的複合物分子太大，不能透過細胞壁，保持著紫色。

在Gˉ細胞中，乙醇處理不但破壞了胞壁外膜，還可能損傷肽聚糖層和細胞質膜，於是被乙醇溶解的結晶紫和碘的複合物從細胞中滲漏出來，當再用襯托的染色液復染時，顯現紅色。

紅色染料雖然也能進入已染成紫色的G+細胞，但被紫色蓋沒，紅色顯示不出來。

革蘭氏染色是一種染色方法，不同的細菌染色會有所不同表現，有的細菌染色之後呈現一種紅色的表現，被稱為革蘭氏染色陽性細菌;有的則呈現為藍紫色，被稱為革蘭氏染色陰性細菌。

除此之外還要看細菌的形狀，如果是球菌的話，呈現為球狀;如果是桿菌的話，呈現為短桿狀。臨床上根據細菌的形狀及革蘭氏染色情況，把細菌進行大致的分類，如革蘭氏染色陽性球菌、革蘭氏染色陰性桿菌等。