FLASH和EEPROM的最大區別是FLASH按扇區操作，EEPROM則按位元組操作，二者定址方法不同，儲存單元的結構也不同，FLASH的電路結構較簡單，同樣容量佔芯片面積較小，成本自然比EEPROM低，因而適合用作程式儲存器，EEPROM則更多的用作非易失的資料儲存器。當然用FLASH做資料儲存器也行，但操作比EEPROM麻煩的多，所以更“人性化”的MCU設計會整合FLASH和EEPROM兩種非易失性儲存器，而廉價型設計往往只有FLASH，早期可電擦寫型MCU則都是EEPRM結構，現在已基本上停產了。

在晶片的內電路中，FLASH和EEPROM不僅電路不同，地址空間也不同，操作方法和指令自然也不同，不論馮諾伊曼結構還是哈佛結構都是這樣。技術上，程式儲存器和非易失資料儲存器都可以只用FALSH結構或EEPROM結構，甚至可以用“變通”的技術手段在程式儲存區模擬“資料儲存區”，但就算如此，概念上二者依然不同，這是基本常識問題。

現在的微控制器,RAM主要是做執行時資料儲存器,FLASH主要是程式儲存器,EEPROM主要是用以在程式執行儲存一些需要掉電不丟失的資料。另外，一些變數，都是放到RAM裡的，一些初始化資料比如液晶要顯示的內容介面，都是放到FLASH區裡的(也就是以前說的ROM區)，EEPROM可用可不用，主要是存一些執行中的資料，掉電後且不丟失

EEpROM是電可擦寫只讀儲存器的簡稱，幾乎所有的液晶彩電在微控制器的外部都設有一片EEpROM，用來儲存彩電工作時所需的資料（使用者資料、質量控制資料等）。這些資料在斷電時不會消失，但可以透過進入工廠模式或用程式設計器進行更改。

在遇到彩電軟體故障時，人們經常會提到“擦除冶“程式設計冶“燒寫冶等概念，其一般針對的都是EEpROM中的資料，而不是程式。“擦除冶“程式設計冶“燒寫冶的是MCU外部EEpROM資料儲存器中的資料。另外，維修液晶彩電時，經常要進入液晶彩電工廠模式（維修模式）對有關資料進行調整，所調整的資料就是EEpROM中的資料。