新農合一般屬於縣新農合管理部門管理，縣新農合管理部門為市衛生局的二級機構，有的地方也叫做合管局。如果當地實現了二保或三保合一，新農合可能就統一歸社保局管理。

新農合辦理方式：鄉幹部、村幹部上門集中收繳，農民持《新型農村合作醫療證》和戶口本，到村委會指定地點辦理參保登記，由相關村幹部收繳農民參保資金，同時開局省財政廳統一印製的新農合收款收據。

這就看你們那兒是否實施了兩保或三保合一。如果沒有實施，那麼屬衛生局的二級機構，歸衛生局管理；如果已實施，則歸人社局管理，統稱為社保局。

居民合作醫療歸國家衛生部門管理。

　　新型農村合作醫療制度，簡稱新農合，是由政府組織、引導、支援，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。

2002年10月，中國明確提出各級政府要積極引導農民建立以大病統籌為主的新型農村合作醫療制度。2009年，中國作出深化醫藥衛生體制改革的重要戰略部署，確立新農合作為農村基本醫療保障制度的地位。

合作醫療是由農民自己創造的互助共濟的醫療保障制度，在保障農民獲得基本衛生服務、緩解農民因病致貧和因病返貧方面發揮了重要的作用。它為世界各國，特別是發展中國家所普遍存在的問題提供了一個範本，不僅在國內受到農民群眾的歡迎，而且在國際上得到好評。

人力資源和社會保障局，再細分下來就是“醫保局”或“醫保科”管轄，也有些省份是專門的新農合科管。

農村合作醫療，簡稱“新農合”，是指由政府組織、引導、支援，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。採取個人繳費、集體扶持和政府資助的方式籌集資金。

屬於人力資源與社會保障局 。 社會保險法 第29條規定 參保人員醫療費用中 應當由基本醫療保險基金支付的部分 ，由社會保險經辦機構與醫療機構 、藥品經營單位直接結算 。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度 ，方便參保人員享受基本醫療保險待遇 ，這裡的社會保險行政部門指的就是人力資源與社會保障局 。

按照國務院部署，由國家衛生和計劃生育委員會（下稱“衛計委”）主管的新型農村合作醫療保險正式劃歸至人社部。

在劃轉管理職權的同時，從中央到地方，原來承擔新農合管理與經辦工作的機構和人員、資產等，也逐步移至人社部門。

2、新農合繳費方式：新農保基金由個人繳費（分5檔：年交 100、200、300、400、500）、集體補助、政府補貼（年最低30元）構成。

3、新農合領取條件：年滿60週歲、未享受城鎮職工基本養老保險待遇的農村有戶籍的老年人，可以按月領取養老金。 

居民合作醫療屬於醫保局，中國百分之九十九的農民都參加了農村合作醫療，居民在生病門診就診或者住院都可以參與報銷，減輕家庭經濟負擔，為中國基本醫療保險公平性提供有力支撐，隨著發病率提高，居民合作醫療個人上繳費用逐年上漲了同樣國家配套資金也在上漲，更好的為有需要住院治療的居民提供了保障