東邪西毒：終極版》與早期版本的區別在於這部影片是後來重新過的，時間為93分鐘。

一、刪減鏡頭

1、與《東邪西毒》相比，《東邪西毒：終極版》一開始的影象略微有些不同，王家衛在一場風暴中加入了一個巨大的黃色月亮。此外虛弱的洪七受他妻子照顧的場景有兩個，王家衛刪掉了一個。

2、武打部分做了刪剪，比如梁朝偉殺馬賊的那場戲就剪短了，全片比《東邪西毒》少了7分鐘。

在王家衛他們設想裡西毒和北丐年輕時是好友

《東邪西毒：終極版》把片頭片尾張國榮與劉洵、與張學友的精彩打戲全部刪棄，令許多《東邪西毒》舊版愛好者心痛不已。

按王家衛的說法，這是撥亂反正、恢復原態——當年公映之初，片商對《東邪西毒》信心不足，不但把全部打戲都剪入了預告片中，還要求在公映正片首尾也加入幾分鐘打戲。而王家衛當年拿去外國影展的版本首尾就沒有這段落。

刪除舊版片頭片尾，有一個好處，就是使得張國榮飾演的“西毒”歐陽鋒形象得到了統一。而只要你知道一開始張國榮原本飾演的是“東邪”黃藥師，你就會隱約感覺到片頭和片尾的裡沒有鬍子、白淨飄逸的張國榮其實來自於早前拍攝的鏡頭。

一般看來，這些鏡頭無關大局，不必較真。但如果有人較真起來，那麼，從沒鬍子過渡到有鬍子，從有鬍子又過渡到沒鬍子，這裡面存不存在邏輯關係呢？哥哥張國榮其實有過解釋，他說：“大家可能忘記王家衛是個出色的編劇，懂得自圓其說，他很容易的將劇情一轉，變成西毒失意於情場，很傷心的一把火將客棧燒了，同時也將須剃掉重出江湖，最後決戰洪七公死於沙場，於是劇情便通了。”

話說回來，西毒對戰北丐一場打戲，張國榮和張學友都拍得異常辛苦，需要親自上陣，凌晨威亞吊來吊去。只是，就算舊版也用不到二十秒鏡頭。