馬的祖先是生活在5000萬年前新生代、第三紀、始新世的始（祖）馬（Hyracotherium Owen=Eohippus Marsh）。它們的身體只有狐狸那麼大。頭骨小，牙齒構造簡單，齒冠低。前足4趾著地，後足3趾著地。背部彎曲，脊柱活動靈活。生活在北美的森林裡，以嫩葉為食。大約過了1000多萬年，到漸新世時才出現了漸新馬（中馬）（Mesohippus Marsh）。

體大如羊。前後足均有3趾，中趾明顯增大。頰齒仍低冠，臼齒齒尖已連成脊狀。仍生活在森林裡，以嫩葉為食。

馬的祖先是生活在5000萬年前新生代、第三紀、始新世的始（祖）馬。馬的進化歷程：始祖馬【新生代、第三紀、始新世】→漸新馬【漸新世】→草原古馬【中新世】 →上新馬【上新世初期】→真馬【更新世】→現代馬

現代馬的起源可追溯到6000萬年以前，在美洲大陸和歐亞大陸還沒有完全分離之前，一種只有野兔般大小的始祖馬就在現在的北美洲東部開始進化了，其中一部分還遷移到了歐亞大陸。大約8000年前，可能是一種疾病使原先生活在北美洲的始祖馬滅絕了，而生活在亞洲、非洲和歐洲的馬卻繁衍興盛起來。現在生活在美洲大陸的馬是16世紀西班牙的征服者哥倫布第二次到達美洲時帶去的。由於馬具有極強的適應性，現在廣泛地生活在世界各大陸。

馬的進化史比其他任何動物都與人類緊密相關。倖存下來的唯一Mustang普氏Mustang不久前還在戈壁灘出現，現在僅存幾隻而已。另外兩種Mustang分別於19世紀和18世紀滅絕。英國劍橋大學的彼得·福斯特發現，在幾千年的進化過程中，家馬比Mustang獲得了生存優勢。

福斯特研究了25個不同種類共300匹馬的DNA，並把它們同化石中找到的Mustang的DNA進行比較。這些化石既有在瑞典和愛沙尼亞發現的生活在大約2000年前的馬的化石，也有在阿拉斯加發現的2萬年前的馬的化石。結果表明，馬的家養馴化開始於不同的時間和世界不同的地點。然而，此前人們一直認為，家馬起源於少數Mustang的雜交，比如狗、綿羊和貓就是如此。