一、開票主體不同：

1、增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人和部分試點小規模納稅人領購使用;其他小規模納稅人需要使用的，只能通過當地的稅務機關代開。

2、增值稅普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各類納稅人領購使用。

二、稅款是否允許抵扣：

1、增值稅專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且是增值稅一般納稅人購買方的抵扣憑證。

2、增值稅普通發票除稅法規定的經營專案外都不能抵扣。

三、開具專案不同：

1、全額開具專用發票且可全額抵扣，融資租賃、有形動產融資性售後回租老合同且選擇不扣除本金的 簡易計稅建築服務。房地產開發企業銷售開發的房地產專案，納稅人簡易計稅二手房銷售業務。

2、差額髮票功能開具、差額抵扣、試點納稅人提供有形動產融資性售後回租服務，向承租方收取的有形動產價款本金 試點納稅人提供旅遊服務。