施肥以氮肥為主，鉀肥為輔。氮肥能促進幼苗的發育；鉀肥能促進營養物質的的合成和運輸，促進根營養物質的積累；磷能促進細胞的生長、增強植株的光合作用。鈣能調節土壤pH、增強土壤通透性、促進折耳根對其它營養素的吸收

1.基肥

在播種前，整地時施入，施入後要旋耕混合細緻。基肥施用農家家畜糞肥，樹葉秸稈堆肥，不要施家禽糞肥，濃度高，傷根。一般一畝施用量就是2000斤農家肥，使用均勻，施基肥以後一週要配合澆水一次有利於吸收。

2.追肥

第一次是在出苗後長出2片葉株高5到10釐米時使用，主要施氮肥，比如尿素，一般可以在種植行間開條溝溝施。尿素氮肥肥效高，一般一畝施25斤左右，可以主要促使幼苗長葉生長。第二追肥在清明前後，根莖生長最旺的時候使用。這時根莖會迅速下扎生長，所以就要在這時施農家肥加少量磷肥，並且根外追施少量磷酸二氫鉀。後期可以觀察會不會出現缺肥情況，如果缺肥可以多次追施，而且魚腥草喜肥，多次追肥，可以使根系粗壯，白嫩。