小麥種子在收穫後到播種前正處於高溫、多雨、貯糧害蟲多發時期，正確儲存小麥種子應做到三防。

　　一、防混雜。對於尚未加工包裝的毛種子，在貯藏、晾曬過程中很容易造成品種混雜，正確方法是做到單曬，單貯，並做好標識，一旦出現混雜，即作“轉商”處理。

　　二、防黴變（保持乾燥）。小麥種子在貯藏過程中，水分過大，溫度過高易引起黴變，影響種子發芽率。安全貯存條件是水分≤12％，常溫貯藏。

　　三、防蟲蛀。危害小麥種子的害蟲有很多種，但以玉米象和麥蛾為最多。目前防除方法主要以藥劑防治為主，常用磷化鋁或磷化鋅片劑進行密閉燻蒸。用量為每500公斤種子3-4片（每片4克），庫內燻蒸為每立方米5克左右。

一般來說，小麥和稻穀一樣，一般是保持兩到三年，在下去的話會變味，就像水稻一樣放久了就不好吃一樣（即使小麥是用來做饅頭或者麵條）。當然，如果儲存環境好的話又另當別論。