全站儀測高差有兩種方法：

1.將全站儀當水準儀用，把全站儀垂直角（天頂距）調整為90度，和水準儀一樣在已知（水準點）上立尺讀數a，再在要測的點上讀數b，其高差h為：h=a-b。

2.在任意點上架設全站儀量取儀器高i，在已知點上立稜鏡並量取稜鏡高t1，測斜距s1和垂直角（天頂距Z1）則高差h1=s1÷ctgZ1+i-t1。

同理測出未知點高差h2=s2÷ctgZ2+i-t2

（其中s2、Z2和t2分別為斜距、天頂距和稜鏡高）。

1、用全站儀測量高程那就是三角測量，最簡單地方法就是將全站儀任意建立測站，然後在後視水準高程點（已知高程點）上架立稜鏡，然後透過反向修改儀器裡的測站高程直到測量高程為後視點處已知高程。這樣直接可以測量其他點了，但記住稜鏡高必須一致。2、不用建站，直接後視水準高程讀數然後進行下一點，資料處理比上面少麻煩但跟水準測量一樣。

1、 儀器任一置點，但所選點位要求能待測點和已知高程點通視和距離儘量相等。

　　2、用儀器照準已知高程點，測出一個高差的值，再用儀器照準需要測的高程點，測出一個高差的值，有了這兩個高差值和已知點的高程值就可以算出需測點的高程值。（此時與儀器高程測定有關的常數如測站點高程，儀器高，稜鏡高，施測前不必設定。）

全站儀測量高程有兩種情況：1種是儀器架設在水準點，另一種是儀器架設在非水準點上.
第一種情況計算公式：高程=H（測站點高程）+i（全站儀高）+h（測量點高差）-I（測量點稜鏡高）
第二種情況計算公式：高程=H（後視水準點高程）-h（後視高差）+h（前視高差）+i（後視稜鏡高）-I（前視稜鏡高） 注：一般前後視稜鏡設定同樣高度.簡化公式可以去掉最後兩項.