元朝其實已經征服了鬆散的各自為戰的吐蕃諸部，但採取的方式確實是柔和的。儘管當時的吐蕃諸部沒有強大的組織力，但青藏高原惡劣的環境不適應蒙古大軍作戰，蒙古人雖然驃悍也抗凍，但那個時候蒙古人並不熟悉青藏高原的地理，另外後勤補給也是個問題。儘管這個時候的吐蕃各部不像四百年前那麼強大，但如果蒙古人想武力征服那並不是很容易的，相反也會代價很沉重。

所以蒙古的闊端王子對吐蕃各部以一道最後通諜式的書信約薩班在涼州會盟，會盟的結果就是吐蕃諸部歸順蒙元，但同時蒙古人信仰藏傳佛教，這又似乎是吐蕃以文化反向征服蒙元。

更正一點，元朝是有徵服過吐蕃的。宋朝末年正值蒙古軍隊最為鼎盛時期，西藏各區的割據政權自然也就沒辦法與其相抗衡，所以元朝幾乎沒有遇到太大的反抗，就將吐蕃給統一了。元朝行、拿下西藏之後為了避免西藏獨立對西藏實行弱化統治，並在西藏地區設定吐蕃宣慰司來管理西藏

元朝不是沒有徵服吐蕃，而是吐蕃面對強大的蒙古鐵騎，被嚇到了，從而選擇了內附。

元初 吐蕃地區的宗教分佈為 四大八小 ，它們左右著吐蕃的發展。 面對元朝的試探 四大教中的 噶當派奮起反抗 但結局是一敗再敗直到深入吐蕃內地中心 。

元朝的強勢 ，讓其他幾大宗派 驚詫不已。 它們雖然在吐蕃稱王稱霸， 但畢竟是不能和元朝鐵騎相抗衡的。 既然反抗是不可能 剩下的各大派就開始試圖拉攏元朝軍隊 ，它們現在的心思就是能在本地保護住自己的利益不受侵犯。

顯然 薩迦派 捷足先登 :薩迦四祖薩迦班智達及時派人秘密會見道爾達，希望他放棄武力征服政策。

從此，道爾達在拉薩一帶留駐兩年之久，未與當地僧俗勢力發生武裝衝突。道爾達比較全面地瞭解了當地的各種情況後，給闊端寫了一份報告，認為“薩迦班智達學富五明，具大法力，希望王爺遣使迎之”。這封信對吐蕃的歸附起到了重大的作用。

吐蕃早在宋代就不存在了，分裂成各個吐司小政權，元朝的時候蒙古軍隊進入高原當地的吐司只要表示誠服接受蒙古帝國統治就沒有消滅他們。元朝在西藏設立宣政院有駐藏大臣和少部分軍隊 在臺灣設定澎湖巡檢司，管轄臺灣。這兩處地方第一次正式歸中央管轄西藏服從中央！後面明朝和清朝都採取駐藏大臣單獨設立行政單位管理西藏相關政務，吐司在自己的封地享受一定的特權。

元朝中央政府在西藏地方施行土司制度 ,設定適合於西藏地方自治性的管理機構 ,任用藏族及其他民族成份人員。
在中央先立總制院，管領佛教僧徒及吐蕃境內事務，仍以“帝師”八思巴統領之。至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院

元朝對吐蕃的管理特點

元朝為了便於對吐蕃的治理，在宣政院下設立了三個宣慰使司都元帥府：

(1)吐蕃等處宣慰使司都元帥府，主要管轄現甘肅青海兩省的藏族地區和四川阿壩、甘孜兩個藏族自治州北部的一些地區；

(2)吐蕃等路宣慰使司都元帥府，主要管轄現四川省阿壩、甘孜兩個藏族自治州的大部分地區和昌都地區的一部分；

(3)烏斯藏納裡速古魯孫等三路宣慰使司都元帥府，管轄當時吐蕃的衛、藏、阿里等地。這樣，全國藏族地區都納入了統的元朝中央政府的管轄之下。

忽必烈兩次透過賞賜的形式把吐藩十三萬戶和三區地面(阿里三部至梭拉郊瓦以上為佛法地面；梭拉郊瓦至瑪曲枯巴以上為人之地面；瑪曲枯巴以下自甲卻且噶波之內為馬之地面)賜給八思巴。足見元朝是把吐蕃視為一個行省進行治理的。八思巴既是吐蕃的最高行政長官，又以國師身份領總制院事。

忽必烈對吐蕃採取了另一行使主權的重要措施，是遣派官員到吐藩清查戶口和設定“甲姆”(驛站)。西藏的政教合一制度即由此而開始。