危害人的健康水汙染後，透過飲水或食物鏈，汙染物進入人體，使人急性或慢性中毒。砷、鉻、銨類、笨並(a)芘等，還可誘發癌症。被寄生蟲、病毒或其它致病菌汙染的水，會引起多種傳染病和寄生蟲病。重金屬汙染的水，對人的健康均有危害。被鎘汙染的水、食物，人飲食後，會造成腎、骨骼病變，攝入硫酸鎘20毫克，就會造成死亡。鉛造成的中毒，引起貧血，神經錯亂。六價鉻有很大毒性，引起面板潰瘍，還有致癌作用。飲用含砷的水，會發生急性或慢性中毒。砷使許多酶受到抑制或失去活性，造成機體代謝障礙，面板角質化，引發面板癌。有機磷農藥會造成神經中毒，有機氯農藥會在脂肪中蓄積，對人和動物的內分泌、免疫功能、生殖機能均造成危害。稠環芳烴多數具有致癌作用。氰化物也是劇毒物質，進入血液後，與細胞的色素氧化酶結合，使呼吸中斷，造成呼吸衰竭窒息死亡。我們知道，世界上80%的疾病與水有關。傷寒、霍亂、胃腸炎、痢疾、傳染性肝類是人類五大疾病，均由水的不潔引起。