DNA分子結構的穩定性是指DNA分子雙螺旋空間結構的穩定性。與這種穩定性有關的因素主要有以下四個：

1、DNA分子由二條脫氧核苷酸長鏈組成，兩條長鏈互相盤旋成粗細均勻、螺距相等的規則雙螺旋空間結構。正象二根稻草搓成繩子後，其牢度(穩定性)大大提高一樣，不難理解，DNA分子的雙螺旋結構就是其穩定性原因之一。

2、DNA分子雙螺旋結構中間為鹼基對，鹼基與鹼基之間形成氫鍵。氫鍵的力雖然是微弱的，但由於DNA分子是高分子化合物，分子內部具有許許多多鹼基對，故DNA分子內部存在著大量氫鍵，從而就維持了雙螺旋空間結構。

3、穩定DNA分子的主要力是鹼基堆集力。我們知道，生物體含有大量的水，生物體進行新陳代謝的化學反應幾乎都是在水溶液中進行的。構成DNA分子的鹼基是疏水性的，在形成DNA分子時，由於疏水作用，鹼基在DNA分子中縱向層層堆積。既有利於雙螺旋結構的形成，又有利於鹼基間的締合，容易形成氫鍵。這是DNA分子穩定的重要原因。我們把這種鹼基堆積使DNA穩定的力量稱鹼基堆集力。

4、DNA分子磷酸殘基上的負電荷可與介質中的陽離子之間形成離子鍵，從而消除了兩條鏈之間由於負電荷的相互作用而排斥的情況，使DNA分子空間結構保持穩定。

dna分子特性：

穩定性：dna分子的雙螺旋結構是相對穩定的。

這是因為在dna分子雙螺旋結構的內側,透過氫鍵形成的鹼基對,使兩條脫氧核苷酸長鏈穩固地並聯起來。另外,鹼基對之間縱向的相互作用力也進一步加固了dna分子的穩定性。各個鹼基對之間的這種縱向的相互作用力叫做鹼基堆集力,它是芳香族鹼基π電子間的相互作用引起的。

普遍認為鹼基堆集力是穩定dna結構的最重要的因素。再有,雙螺旋外側負電荷的磷酸基團同帶正電荷的陽離子之間形成的離子鍵,可以減少雙鏈間的靜電斥力,因而對dna雙螺旋結構也有一定的穩定作用。