大腸桿菌（Escherichia coli），又叫大腸埃希氏菌，Escherich在1885年發現的。大腸桿菌是條件致病菌，在一定條件下可以引起人和多種動物發生胃腸道感染或尿道等多種區域性組織器官感染。

大腸桿菌基因型的基本概念：

野生大腸桿菌（E.coli）的基因組DNA中有470萬個鹼基對（bp），內含4288個基因。E.coli基因組中還包含有許多插入序列，如λ-噬菌體片段和一些其他特殊組分的片段，這些插入的片段都是由基因的水平轉移和基因重組而形成的，由此表明了基因組具有可塑性。利用大腸桿菌基因組的這種特性對其進行改造，使其中的某些基因發生突變或者缺失，從而給大腸桿菌帶來可以觀察到的變化，這種觀察到的特徵叫做大腸桿菌的表現型（Phenotype），把引起這種變化的基因構成叫做大腸桿菌的基因型（Genotype）。具有不同基因型的菌株表現出不同的特性。這些不同基因型特性的菌株在基因工程的研究和生產中具有廣泛的應用價值。